作為土壤研究專家，周健民多次在全國兩會上提交關于土壤污染防治和耕地保護的提案。針對土壤污染，周健民建議，相關部門應制定更為合理的評價標準，科學施治，以解決“土壤病”。土壤污染最大的問題是家底不清，同時多部門管理造成職責交叉、界限不清，建議盡快開展第三次土壤普查。

“現在科研人員使用的數據，大多還是上世紀80年代初第二次土壤普查的數據。實際上這30多年來是我國土壤變化很大的時期，反而沒有很詳細的數據。”周健民說。

2014年4月，環境保護部和國土資源部聯合發布的《全國土壤污染狀況調查公報》顯示，全國土壤環境狀況總體不容樂觀，總的超標率為16.1%，其中耕地污染問題最為突出,土壤點位超標率達19.4%。“這個數據很嚇人，但也未必可靠。”對上述數據，周健民表示，土壤污染防治涉及多部門，如國土資源、農業、環保、工業等，存在部門職責交叉、界限不清的問題。周健民說，現在不同的部門采取不同的方法、不同的標準，調查得出的結論也不一樣，這會造成混亂。“因此，我們需要統一標準、統一方法，以確保我們掌握真實的數據。”