抗戰(zhàn)全面爆發(fā)后，熊十力先回原籍黃岡，繼則避難四川，任教于馬一浮主持的樂(lè)山復(fù)性書(shū)院。此時(shí)的熊十力，雖身處后方，卻痛感外侮日迫，族類益危，常因想起淪陷區(qū)同胞之苦辱而禁不住失聲痛哭。

1943年，熊十力移居梁漱溟在重慶北碚的勉仁書(shū)院。值此民族危亡之秋，熊十力將其滿腔真情都傾注在中華文化的存亡絕續(xù)之上。

熊十力痛恨蔣介石，他講課時(shí)，經(jīng)常講著講著就跑了題，大罵蔣介石不做抵抗，導(dǎo)致東北失陷，誤國(guó)誤民。蔣介石在國(guó)民黨當(dāng)權(quán)，他非常氣憤，還曾把寫(xiě)有蔣介石字樣的報(bào)紙撕下來(lái)塞到自己的褲襠里面。

抗戰(zhàn)勝利后，在川中避居著書(shū)授徒多年的熊十力返回了湖北老家，路過(guò)漢口時(shí)借住朋友家中。此時(shí)蔣介石為了封住熊十力的口，便差人去請(qǐng)，想請(qǐng)熊十力為國(guó)民黨出出主意幫幫忙。熊十力一聽(tīng)便大聲斥責(zé)說(shuō)：“要我去看他，他是什么東西?不去!”

蔣介石知道熊十力一生最大的愿望就是辦個(gè)哲學(xué)研究所，就讓人打電話給湖北省主席萬(wàn)耀煌，讓萬(wàn)耀煌收買熊十力，“幫他成立哲學(xué)研究所”。誰(shuí)知熊十力得知此事之后，卻并不領(lǐng)情，并毅然道：“我熊某對(duì)抗戰(zhàn)無(wú)寸功，愧不敢當(dāng)?！辈粌H拒絕了這筆錢，還不去見(jiàn)蔣介石。蔣介石得知后，只好不提這事了。