1913年二次革命失敗后，在袁世凱的鎮壓下，孫中山、黃興等避往日本，但章太炎卻公開宣布要去北京，向袁世凱質問。他告訴大家說：“決定要去面質包藏禍心的袁世凱，明知是虎穴，可是不入虎穴，焉得虎子。”

章太炎到達北京后，曾多次要求見袁世凱，但不得要領。1914年2月，章太炎又前往總統府要求會見，但被拒絕，于是章太炎竟在夜間拿著鋪蓋到總統府前睡覺，結果被袁世凱軟禁起來。

章太炎被軟禁后，在廳里掛上一副對聯，上聯寫：“殺、殺、殺、殺、殺、殺、殺”，下聯寫：“瘋、瘋、瘋、瘋、瘋、瘋、瘋”，還寫了“袁賊速死”的橫批。又在屋中寫滿“袁世凱”幾個字，再用手杖敲打，說這是“鞭尸”，后來更在院里挖樹根雕刻成人形，上面寫上“袁世凱”三個字，用火燒了之后又把灰燼挖坑埋掉，并高聲歡呼說：“袁賊燒死啦!”后來更命廚師斷炊，決意絕食。

此事傳出后，社會各界知名人士紛紛致書袁世凱，多方營救。袁世凱攝于章太炎的影響，也怕章太炎真的餓死讓自己遭到各界更多譴責，于是派醫生診視，并將章太炎從城外移到城里的錢糧胡同。軟禁的地方所有飲食需求一應俱全，同時允許家人和朋友來探望，但就是不讓外出。章太炎一直被關到到袁世凱死后，黎元洪任總統時，才恢復了自由。

時人耳聞目睹章太炎敢于直言攻擊袁世凱，且言辭激烈的情況，于是給章太炎起了個“民國禰衡”的綽號。但是章太炎自己對這個綽號并不認同。一次，他的弟子吳承仕前來探望他，問章太炎說：“吾師，您比禰衡如何?”章太炎一聽此話，立即回應道：“禰衡豈能比我?”