據該部門匯整的統計，此次臺風造成的農業損失以臺東縣最為嚴重，高達7億3139萬元，屏東縣和高雄市的損失位列二、三位，分別達1億2704萬元和1億877萬元。

統計顯示，“尼伯特”臺風造成臺灣農產損失估計為8億3821萬元，農作物被害面積9963公頃，損害程度28%，換算無收獲面積2798公頃。受損農作物主要是水果番荔枝，被害面積4198公頃，損失金額達4億6717萬元。此外，畜產損失369萬元，漁產損失156萬元，林產損失2719萬元。

“尼伯特”臺風還造成臺灣民間農業設施損失1億3710萬元，其中農業設施損失1億977萬元，畜禽設施損失2153萬元，漁業設施損失580萬元。