1945年日本無條件投降后，10月17日，來自祖國大陸的中國軍隊抵達基隆港，全島同胞都去迎接。受降典禮于10月25日在臺北市公會堂(現為中山堂)舉行，由臺灣省行政長官兼警備總司令陳儀接受日本臺灣總督兼第十方面軍司令長官安藤利吉投降，簽署了將臺灣版圖歸還中華民國的降書。臺灣自1895年割讓日本以來，過去半個世紀，才正式回歸祖國懷抱。在臺北市的受降儀式上，安藤利吉向中方接收代表鞠躬致敬，隨后在投降書上簽字。

收復臺灣后，在臺灣的日僑遣返工作成為一個突出問題。12月27日，臺灣省行政長官公署成立日僑管理委員會，負責調查統計和遣返工作。經多次研究后決定，日本海陸軍遺族和留守家屬成為首批遣返對象，其余日僑隨后遣返，并劃定基隆、高雄、花蓮等港口作為遣返集中地點。至1946年4月底，共遣返日僑29萬多人。至1946年12月底，又遣返“留用”日僑及殘留日僑近3萬人。

1947年4月初，日僑管理委員會開始籌劃第三次日僑遣返。到5月初，又有日僑3500多人被遣返。此后，日僑管理委員會被撤銷。

1947年5月，臺灣省政府成立后，又進行了第四、第五次日僑遣返，到1948年11月，除少數取得中國國籍的日僑外，其余滯留在臺灣的日僑基本上被遣返完畢，但此后的一段時間里，仍不斷有個別“潛伏日僑”被發現后，遭臺灣行政當局遣返。