據日本時事通訊社報道，安倍26日傍晚在首相官邸會見杜特爾特，除雙邊關系問題外，南海和安全保障問題“毫無意外地成為焦點”。杜特爾特在首腦會談開始時稱，希望與中國就南海爭端“和平地解決問題”“必須與中國展開對話”。關于所謂南海仲裁案，杜特爾特表示菲方“不會采取判決范圍以外的其他立場”。共同社26日稱，會談后雙方發表了旨在促進日菲戰略伙伴關系的聯合聲明，還就南海問題強調“自我克制與非軍事化對和平解決海洋紛爭很重要”。兩人還從亞太地區和平與穩定的觀點出發，確認了與美國的同盟很重要。在之后的聯合記者會上，杜特爾特表示：“菲律賓與日本將在‘如果有紛爭，那就和平解決’的價值觀之下緊密合作”。

日本TBS電視臺26日稱，在首腦會談之前，杜特爾特先在東京與日本“日菲友好議員聯盟”進行座談，并在菲律賓經濟論壇發表演講。參加座談的一名日本議員稱，杜特爾特在期間表示“如果中國繼續強大，可能和美國發生沖突”。在菲律賓經濟論壇的演講中，杜特爾特繼續彰顯反美姿態，要求美國軍隊“兩年內離開菲律賓”，這也是他首次提及要求美軍撤出菲律賓的時間。關于中國，他稱“希望成為中國的朋友”，訪問中國“是為了經濟，而不是軍事，我們沒有談論武器，沒有討論聯盟問題”。還有日本媒體注意到，繼25日和日本外相岸田的會談遲到后，杜特爾特26日出席菲律賓經濟論壇“再次遲到40分鐘”。

共同社26日援引日本外務省官員的話稱，新任菲總統“雖然強硬反美，但確是親日派”，日方依然可以借其訪日之機，強化日菲在南海問題上的協調。評論稱，安倍盡管對杜特爾特的激進反美言論有所警惕，但還是希望加強兩國關系，拉住杜特爾特避免其倒向中國。不過，考慮到杜特爾特有自己的打算，“未必按照首相的建議行事”，因而日方還需要謹慎關注并充分把握其想法。

《紐約時報》26日評論稱，杜特爾特將日本這個美國另一個重要亞洲盟友置于微妙的位置。分析人士認為，日本與菲律賓的關系使得它有優勢提醒杜特爾特美國之重要性，但與此同時，鑒于日本與美國之間也有嫌隙，和菲律賓在對美關系上有相似之處，該國可以向杜特爾特的處境表示同情，并提供他一個發泄的場所。

“杜特爾特反美意識打亂日本對華包圍網”，日本共同社26日發文評論稱，日本曾招待杜特爾特親屬來日游玩，“為親日總統的誕生而布局”，但日菲兩國在“美國觀”上存在明顯分歧。安倍可能在會談中呼吁菲修復與美關系，但日本政府并未透露詳情。日本外務省官員稱，“菲律賓是對華戰略的關鍵，無論如何都要把菲律賓留在日美陣營里”。