12月22日，江蘇省人民檢察院發布消息稱，媒體廣泛關注的江蘇省靖江市原侯河石油化工廠（以下簡稱“侯河化工廠”）填埋疑似危險廢物案即“9·11”污染環境案，12月21日由江蘇省泰州醫藥高新技術產業開發區人民檢察院提起公訴，周汝祥等3名被告人被指控涉嫌污染環境罪。此案是最高人民檢察院、環保部、公安部首次聯合掛牌督辦的污染環境案。在提起公訴前，檢察機關已促成涉案公司簽訂1.9億元環境修復協議，目前已到賬1.2億元。

起訴書指控稱，2003年10月，被告人江蘇長青農化有限公司（以下簡稱“長青公司”）副總經理周汝祥與侯河化工廠法定代表人唐滿華（2014年1月因患鼻咽癌死亡）簽訂協議，長青公司將生產吡蟲啉中產生的殘渣補貼銷售給侯河化工廠提煉處理。周汝祥明知侯河化工廠沒有相關危險廢物的處置資質，仍安排被告人長青公司原環保辦副主任高冬書等人協助侯河化工廠非法處置上述危廢直至2011年11月，共計轉移危險廢物至侯河化工廠1萬余噸，且在該過程中多次提高給侯河化工廠的處置價格。

被告人侯河化工廠押運員高蘇清明知侯河化工廠僅有菊酯殘液的處置資質，仍聽從唐滿華的安排，于2005年9月至2011年9月間，多次押運長青公司生產的危險廢物共計1萬余噸至侯河化工廠，且負責填寫危險廢物轉移聯單、參與長青公司結賬等事宜。唐滿華將不能出售或者勾兌的危險廢物殘渣、固體危險廢物在侯河化工廠內予以填埋。

其間，高冬書作為長青公司污水處理池和焚燒爐直接管理人員，明知侯河化工廠沒有處理污泥殘渣資質，仍根據周汝祥安排，分別于2010年12月和2011年7月左右將兩批共計30余噸污泥交由侯河化工廠非法處置。

2012年年初，侯河化工廠注銷，唐滿華在原址翻建華順生豬養殖場。2015年2月，云南人周某某買下這個養殖場，3月，周某某帶領工作人員正式入駐養殖場。沒多久，周某某得知養殖場的前身是侯河化工廠，廠內深坑里埋有危險廢物。

公開報道顯示，2015年7月，周某某向靖江市環保局、公安局等多家單位和媒體實名舉報。兩個月后，泰州市、靖江市檢察機關主動與環保部門、公安機關溝通聯系，在靖江市環保局于9月11日將此案移送公安機關后的當天就介入偵查工作。

針對侯河化工廠已于2013年注銷，且該廠法定代表人唐滿華已經病故的情況，公安機關將偵查方向調整為“提供污染源的上游企業”，將填埋的危險廢物主要來源鎖定為長青公司等兩家企業。2015年9月27日，江蘇靖江市公安局立案偵查。2015年12月18日，最高檢、環保部、公安部首次采用聯合掛牌方式督辦此案。2016年10月7日，根據泰州當地環境資源類案件管轄歸屬規定，該案被移送至具有案件管轄權的泰州醫藥高新技術產業開發區人民檢察院審查起訴。