洱海位于云南省大理白族自治州，為全省第二大淡水湖，是蒼山洱海國家級自然保護區的重要組成部分，也是大理市集中式飲用水水源地。

2016年中央環境保護督察反饋指出，云南省對高原湖泊治理保護的長期性和復雜性認識不足，工作系統性和科學性不夠，部分政策措施沒有嚴格落實，規劃目標未能如期實現。部分湖泊“邊治理、邊破壞”“居民退、房產進”，群眾反映強烈。其中，大理州等地部分自然保護區及重點流域存在違法開發建設問題。云南省督察整改方案明確：嚴格貫徹執行《洱海保護管理條例》，強力整治洱海流域農村建房和餐飲客棧經營活動，積極規范和引導洱海流域旅游產業發展，遏制洱海水質高錳酸鹽指數上升的趨勢。

2018年4月，云南省督察整改落實進展情況反映，2017年4月大理州開啟洱海保護治理搶救模式，對洱海流域排查出的違章建筑進行了整治，對核心區內的餐飲客棧進行關停整頓，并加快洱海環湖截污一、二期工程建設。

督察組發現，洱海生態整改的主要問題有，洱海周邊旅游發展管控不到位、洱海流域非煤礦山破壞生態、洱海水質近年來呈下降趨勢等幾方面問題。

——洱海周邊旅游發展管控不到位。大理州“十二五”“十三五”涉及洱海流域旅游產業發展規劃，未依法開展環境影響評價，州政府存在違規審批旅游規劃的情況。2016年中央環境保護督察反饋指出的“蒼山洱海國家級自然保護區沒有依法報批旅游發展規劃，在保護區范圍內開展旅游活動”問題，至“回頭看”進駐時尚未整改。大理市、洱源縣組織編制的多項旅游發展規劃未充分考慮環境承載力，部分項目與洱海保護要求不符，洱海流域旅游發展處于無序狀態。

——洱海流域非煤礦山破壞生態。經排查，洱海流域內57家非煤礦山中，有9家違法生產、27家取締關停不徹底、19家未開展生態恢復或恢復效果差。大理市政府出臺的《大理市關于來料加工企業的處置意見》，將整治企業恢復生產的審核把關權限下放至鄉鎮，致使本該徹底關停取締的非法企業得以死灰復燃。大理市瑞澤建材廠鳳翥頁巖礦等企業，在已責令關停的情況下，長期以來料加工之名行違法生產之實，以清理山體塌方為由擅自私挖盜采。大理市創世新型頁巖磚廠等企業，在未辦理水土保持、環保等手續的情況下長期違法生產，對環境保護部門責令改正違法行為的要求置若罔聞。

——洱海水質近年來呈下降趨勢。2017年，洱海部分污染物年均濃度較2015年上升，其中總磷上升27%，化學需氧量上升11%，總氮上升10%，綜合營養狀態指數上升8%，藻類細胞數上升68%，高錳酸鹽指數上升9%。2016年和2017年，洱海水質類別均評價為Ⅲ類，連續兩年未達到水環境功能區Ⅱ類水質要求。

督察組指出，2013年至2016年，洱海流域餐飲客棧出現“井噴”，大理州、市(縣)兩級政府及市場監管等部門重視不夠，對違法建設問題執法不嚴，監管不力。截至2017年4月，洱海流域核心區內共排查在建違章建筑1084戶、餐飲客棧2498戶，其中1947戶證照不齊。違章建筑和違規餐飲客棧，侵占大量洱海湖濱帶，損害洱海生態環境。

大理市擅自允許在洱海保護控制區對農村個人住房進行改建、重建或拆舊建新，違反《洱海海西保護條例》和《洱海保護管理條例》的規定。2015年、2016年大理市審批環洱海拆舊建新高達4713戶，為餐飲客棧無序發展推波助瀾，導致大量生活污水直排環境。2016年6月，大理創新工業園區發改局在未查明企業違反國家產業政策的情況下，為大理市瑞澤建材廠頁巖實心磚生產項目出具《投資項目備案證》，工作不嚴不實。該廠在未經批準的情況下于2017年4月擅自恢復生產，但大理市國土、林業、環保等部門及鳳儀鎮政府沒有及時制止。洱源縣小水壩石料加工有限公司石灰巖礦涉嫌私挖盜采，但洱源縣政府及國土等部門長期監管失察。